Il primo documento relativo alla città di M. è del 1147, quantunque in più luoghi si siano ritrovati resti di ville, posti fortificati e necropoli gallo-romane lungo la strada romana che da Lione portava a Cherbourg. Borgo modesto nel sec. XII, prese il suo nome dai mulini situati lungo le rive dell'Allicer e lo stagno di Brechimbault (oggi edificio delle Poste e del Teatro). Arcimboldo VI di Borbone-Dampierre accordò a M. le franchigie comunali; tra il 1269 e il 1290 venne edificato l'Ospedale di S. Giuliano. In quel tempo M. era dotata di due cappelle, dedicate a S. Pietro, la prima dove ora sorge la Cattedrale, la seconda, detta St-Pierre-de-Bourgogne, eretta nel 1250. Il duca Luigi I di Borbone iniziò ca. il 1340 la costruzione del castello, finito solo nel 1379 da Luigi II. Nel 1788 il papa Pio VI creò la diocesi di M. e primo vescovo doveva esserne mons. De Gallois de la Tour, allora residente in M. quale vicario generale del vescovo di Autun, ma tutto restò sospeso per la Rivoluzione. La sede ristabilita nel 1817 ebbe il primo titolare nel 1822; essa venne formata per smembramento delle diocesi di Autun, Bourges e Clermont-Ferrand. Organizzatore della diocesi fu mons. A. de la Grange de Pons (1823-49); tra i suoi successori si ricordano mons. P. S. de Dreux-Brezé (1850-93); E. Dubourg (1893-1906).
La diocesi è suffragante di Sens. La prima pietra della Cattedrale (Notre-Dame) fu posta nel 1468 dalla duchessa Agnese di Borbone per sostituire la cappella di S. Pietro, divenuta collegiale nel 1386. L'edificio si compone di un coro in stile gotico circondato di un deambulatorio a pianta rettangolare del tipo di St-Germain-l'Auxerrois di Parigi e di St-Jean-de-Troyes. Circa la metà del sec. XIX vi si aggiunse una triplice navata a 5 campate e una facciata circoscritta da due alte torri. Le vetrate del coro sono del sec. XVI e rappresentano storie di s. Caterina, la Crocifissione, la Madonna, l'Albero di Jesse, episodi d'una crociata, martirio di s. Barnaba, Annunciazione e Assunzione di M. Vergine, con ritratti degli offerenti. Vi si venera una statua lignea della Madonna con il Bambino detta la «Vierge noire» attribuita al sec. XII (E. Mâle, L'art religieux de la fin du moyen âge en France, Parigi 1931, p. 288). Nella sacrestia si conserva il trittico detto del «le maître de M.» tavola del 1498 rappresentante l'Assunta; ai lati s. Anna e s. Pietro presentano alla Vergine il duca Pietro II, con la moglie Anna de Beaujeu e la figlia Susanna. Il papa Pio XII il 27 ott. 1949 elevò la cattedrale di M. al grado e dignità di basilica minore (AAS, 42 [1950], pp. 548-49). La chiesa di St-Pierre-des-Menestreaux fu eretta tra il 1400 e il 1450 dove era la Biblioteca; la cappella del convento dei Giacobini (1515-20) è oggi occupata dalla chiesa del S. Cuore (1844-70). La chiesa di S. Pietro (1470-97) occupa il luogo dove nel 1352 era la chiesa dei Carmelitani distrutta nel 1411. Il campanile è del sec. XIX. L'antico collegio dei Gesuiti, eretto nel 1604 su disegno del P. Martellange, è oggi trasformato in Palazzo di Giustizia. Nel Monastero della Visitazione di M. ebbe inizio la devozione al S. Cuore di Gesù; s. Giovanna Francesca di Chantal vi morì nel 1641. Oggi è sede del Liceo Banville e nella Cappella si conserva la sontuosa tomba del duca di Montmorency (1648).
Nel territorio della diocesi si trova a Souvigny (Sylviniacum) l'abbazia di S. Pietro, eretta dall'abate Bernone nel 916. Suoi successori furono s. Maiole (m. nel 994) e s. Odilone (m. nel 1049). La chiesa iniziata da Odilone fu consacrata nel 1064 da Pier Damiani. Venne restaurata dal 1424 al 1444; poi passò in commenda. La chiesa (m. 83 x 38) contiene i mausolei dei duchi di Borbone. Una colonna ottagona è sormontata da un capitello con rozze scene relative al privilegio di batter moneta, ottenuto dai monaci alla fine del sec. XI. La Biblioteca abbaziale, ricca di codici miniati, passò nel 1790 parte in quella della città di M., parte alla Nazionale di Parigi. Ma la preziosa Bibbia dell'abbazia si conserva nel Museo Mantis di M. istituito nel 1910 (L. Brehier, La Bible de Souvigny et la Bible de Clermont, in Bulletin de la Société d'émulation Bourbonnaise, 1910, pp. 240-55). Il monastero di St-Lieu-Sept-Fonds (septem fontes) presso Bourbon-Lancy fu fondato dai Cistercensi nel 1132, soppresso nel 1789, restaurato dai Trappisti nel 1836; la chiesa abbaziale fu distrutta durante la Rivoluzione (Cotineau, II, coll. 1310-11). Tra i santuari venerati si ricordano quelli di Notre-Dame di St-Germain des Fossés e di St-Georges a Bourbon l'Archambault.