ospedaliere dello Spirito Santo si estese su di esse la giurisdizione di tale precettore. Traccia di questa precettoria e dignità abbaziale si ha ancora nella formola del cerimoniante usata dal S. Padre nell'importare la mantelletta al neo-eletto c.: Esto praeceptor generalis Ordinis S. Spiritus. Come gli uffici maggiori di altri ordini ospedalieri anche quello di precettore di S. Spirito fu dato in commenda, finché Leone X non rese stabile tale commenda con la creazione della prelatura, la quale importava il dovere per il prelato di avere cura dell'ospedale. Ed i papi della Contro-riforma ebbero cura di conferirla a personaggi che sapessero attendere ai loro doveri. Il bel palazzo che Gregorio XIII, fra il 1572 ed il 1585, fece sorgere accanto alla bella chiesa di S. Spirito è una prova dell'importanza che il c. aveva assunto nella Curia.
Questa prelatura per vari secoli conservò la sua supremazia su tutti gli Ospizi dell'Ordine, finché Benedetto XIV con la costituzione «Saepse Romanorum» del 5 apr. 1741, in considerazione della grande distanza di alcuni di questi ospizi da Roma, decretò terminata la giurisdizione del c. sopra di essi e li sottopose all'autorità degli Ordinari.
Dopo l'occupazione napoleonica fu ricostituito l'ufficio del c. di S. S., con la nomina a presidente della Deputazione, istituita da Pio VII il 13 nov. 1821, per amministrare e reggere gli ospedali di Roma. Sciolta da Pio VIII nel 1829 questa Deputazione, il c. di S. S. continuò il suo ufficio nei riguardi dell'ospedale in Sassia.
Con la presa di Roma, il c. di S. S., privato di qualsiasi attività, si ridusse al godimento dei privilegi inerenti alla prelatura.