dichiarò indipendente la città di C. e vi istituì la sede vescovile alla quale annesse anche alcune parrocchie della vicina Città di Castello, nel 1325. Tale anno coincide con il trapasso dei libero comune nella signoria dei Casali e con la formazione dello statuto cittadino. Primo vescovo fu Rainerio Ubertini; in seguito si distinsero Luca Grazio, membro influente del Concilio di Firenze (1438), Matteo Concini (1560) e Girolamo Gaddi (1562), presenti al Concilio di Trento.
Nomi celebri illustrarono nel passato la città, come fra' Elia da C. (v.) compagno di s. Francesco, i carded. Egidio Boris e Silvio Passerini, e specialmente la popolare s. Margherita (v. 1248-127).
S. Maria di Farneta, una delle più grandi e famose abbazie italiane, fiorita nel sec. XI, ma di cui non si sa esattamente l'origine, era situata nel territorio della città e dopo il 1325 incorporata in quello della diocesi. Quando nel '700 fu soppressa dal governo del granduca, i beni furono assegnati al Capitolo della Cattedrale.
C. possiede un grande numero di edifici sacri monumentali, senza tener conto di quelli cospicui che riflettono la sua migliore storia civile nel passato. La Cattedrale, dedicata a Maria Assunta, conserva poche tracce dell'antica pieve del sec. XI: tutto l'interno fu rinnovato nel '400 e successivamente (Giuliano da Sangallo); il campanile è costruzione del '500. Negli altri edifici si può dire che tutte le età dell'architettura cristiana vi sono degnamente rappresentate. Un bel gruppo di chiese appartiene all'arte gotica: S. Francesco, S. Domenico, S. Antonio, S. Agostino. Al Rinascimento: S. Maria delle Grazie al Calcinio con cupola, edificio luminoso, armonico, iniziato nel 1485, un modello di stile; S. Maria Nuova a pianta centrale, della metà del '400. L'arte del '600 vi conta le chiese di S. Spirito e S. Filippo. Un santuario famoso è il tempio di S. Margherita, dedicato alla Santa cortonese, cominciato nel '200, ma ricostruito nel secco.
lo scorso: racchiude la tomba ogivale della Santa, scolpita da Angelo e Francesco di Pietro (1362), artisti cortonesi.
Notevoli per quantità e pregio le opere d'arte sacra. Si menzionano: le pitture del grande cortonese Luca Signorelli (1441-1523), delle cui opere oggi è raccolta nella chiesa del Gesù in C. una singolare pinacoteca (pinacoteca Signorelliana) e dell'altro cortonese Pietro Berrettini o da Cortona (1596-1669) di cui alcuni quadri si conservano alla pinacoteca Civica (palazzo Pretorio). Materiale archivistico di qualche interesse si conserva nell'archivio Capitolare e nella biblioteca Comunale.
Attualmente la diocesi, in una superfice di kmq. 340, comprende 52 parrocchie, 61 sacerdoti diocesani, 38 regolari e 32.861 ab. dei quali 32.847 cattolici (1948). - Vedi tavv. XXXV-XXXVI.