Dopo avere disimpegnato vari incarichi pubblici, nel 1546 Carlo V lo nominò presidente della Reale Udienza del Perù, dotandolo di poteri illimitati, con l'incarico di donare la ribellione e la guerra civile peruviana capitata da Gonzalo Pizarro. Sbarcato nell'America centrale, ottenne a Panama l'adesione di Pedro de Hinojosa, comandante della flotta, e di Fernando Pizarro, fratello del ribelle.
Portatosi nel 1547 in Perù e riuscire inutili le trattative intavolate con Gonzalo, G. riunì un esercito con il quale l'8 apr. 1548 affrontò la truppe avversarie. Avenido disertato molti soldati del Pizarro, questi fu fatto prigioniero e poi decapitato con il suo luogotenente Carvajal. Spenta la rivolta, G. si dedicò ad una pronta opera di pacificazione, revocando ordinanze troppo rigorose, introducendo benefiche riforme per gli Indi, sostituendo l'amministrazione civile alla militare nelle città, sollecitando l'incremento economico, specie lo sfruttamento del sottosuolo. Il suo governo, durato fino al 1550, fu considerato da tutti benefico e giusto ed il G. fu salutato padre restaurador y pacificador. Tornato in patria, fu eletto vescovo di Palencia (1551) e di Sigüenza (1561).