FILOGENESI. - Nell'ambito della teoria dell'evoluzione, indice l'ordine storico secondo il quale i vari gruppi di esseri viventi si sarebbero gradualmente modificati ed evoluti. Tutte le specie animali e vegetali, attuali ed estinte, si potrebbero riunire in un enorme albero genealogico o filogenetico, nel quale tronchi comuni, corrispondenti ad antenati più antichi, si suddividono ripetutamente in rami secondari, che stanno ad indicare le forme più recenti.
La costruzione di un albero filogenetico si basa su documenti dedotti dalle discipline più diverse (dati paleontologici, anatomici, embriologici, biogeografici, fisiologici, genetici), e rappresenta perciò una sintesi completa delle nostre conoscenze zoologiche e botaniche. Sono però soprattutto le ricerche paleontologiche (Gaudry) che permettano di riconoscere il susseguirsi delle variazioni in specie affini, appartenenti a successivi strati geologici e dunque ad è diverse; si può pertanto precisare, in modo assai obiettivo, la probabile filiazione evolutiva delle specie in serie cronologica, e riconoscere l'entità di progressivi adattamenti.
Anche l'anatomia comparata (Gegenbauer) e gli studi embriologici contribuiscono a chiarire le affinità filogenetiche. Secondo una concezione di Fritz Müller ed Ernesto Haeckel (legge biogenetica fondamentale), lo sviluppo del singolo individuo (ontogenesi) rappresenta l'idea una breve ricognizione della filogenesi, e pertanto dall'esame degli stadi embrionali successivi si potrebbe risalire alla storia evolutiva della specie. Ad es., il fatto che tutti i metano superiori attraversano precocemente la fase embrionale di gastrula, starebbe ad indicare la loro discendenza dai poriferi e dai celenterati, che presentano nell'età adulta un aspetto complessivo simile a quello di tale stadio di sviluppo (teoria della gastrea, Haeckel); ed il fatto che nell'embrione dei vertebrati superiori, a respirazione polmonare, si abbozzi l'apparato brancale, destinato a rimanere privo di funzione, indicherebbe in loro discendenza dai vertebrati inferiori, in cui tale apparato è funzionante.
Si dice phylum una successione di specie derivata da un medesimo ceppo originario per diretta filiazione. È stato spesso rilevato (Bergson, Rosa, Cuénot) come ogni phylum maggiore tenda a dividersi una o più volte per dicotomia. Così nel regno animale un tronco primitivo, comprendente i celenterati, si suddivide nei due grandi rami dei protostomi e dei deuterostomi (Grobben). Dai tronchi principali dell'albero genealogico degli esseri viventi, i vari gruppi sistematici a differenziazione più specifica si distaccano però generalmente come rami laterali, che esauriscono o attenuano le loro ulteriori possibilità
di evoluzione, specializzandosi in grado assai elevato. Sono anche stati messi in luce casi di un phylum che prosegue la propria evoluzione in una data direzione, con apparente indipendenza da eventuali tendenze di progressivo adattamento (ortogenesi di Eimer), che i caratteri coinvolti in questa graduale trasformazione possono talvolta oltrepassare perfino le dimensioni favorevoli e divenire dispositivi manifestamente nocivi e esagerati (fenomeni di ipertesia), il che prelude all'estinzione della specie. Phyla diversi, nati da uno stesso ceppo, ma tra di loro differenziati in senso divergente, possono evolversi successivamente sotto forma di linee parallele, in ciascuna delle quali con regolarità molto notevole possono poi comparire caratteristiche comuni (paralleliismi morfologici di Colosi; omomorfie di Novikoff). In altri phyla, tra loro non imparentati, ma secondariamente adattati ad uno stesso ambiente, si può arrivare ad una forte assomiglianza morfologica, per un fenomeno di adattamento evoluzione convergente.
Allo stato attuale delle nostre conoscenze, la f. sia dei maggiori che dei minori gruppi di esseri viventi rimane ancora, per lo più, allo stato di un tentativo di sintesi morfologica. E non è ancora risolta la controversia fra i sostenitori di una natura morfologica o polifiletica dell'evoluzione: i primi ammettono che tutti gli esseri viventi derivino da un solo ceppo ancestrale, i secondi da più ceppi. Su base filogenetica è costruita però la sistematica moderna, che asprimebbe a raggruppare le specie animali o vegetali a seconda della parentela evolutiva, a stabilire una gerarchia ed una successione dei vari gruppi così ottenuti, rispecchiante l'ordine storico della loro derivazione genealogica qualora l'esperienza dimostrasse vera la teoria della evoluzione. Così si tendrebbe a un razionale «sistema naturale», da contrapporre agli arbitrari «sistemi artificiali» caratteristici EVOLUZIONE (v.).