La chiesa di S. Giovanni Battista detta il Duomo fu eretta dalla regina Teodolinda nel 595. Venne rifatta nel sec. XIII, restaurata nel 1577, ridipinta nel 1739; la facciata è opera di Matteo di Campione e discepoli (1369-98). Nella cappella, dove sono sepolti Teodolinda e Agilulfo, si conserva la corona ferrea, cosiddetta perché secondo la tradizione sarebbe stata foggiata con un chiodo della Croce di Nostro Signore, ritrovata da s. Elena. Nella Cappella maggiore, il paliotto in lamine sbalzate in argento dorato con gemme e smalti venne eseguito dall'orafo milanese Borgino del Pozzo tra gli anni 1350-57; vi sono rappresentati il Battesimo di G. Cristo, i simboli degli Evangelisti ed episodi della vita di s. Giovanni Battista.
Il tesoro conservato in un'attigua sala ottagonale venne asportato una prima volta nel 1324 e recato alla corte dei papi di Avignone; ritornò nel 1344; i Francesi lo spedirono a Parigi nel 1799, donde tornò nel 1815. Vi si conservano: il cosiddetto "ricamo della Madonna", che è invece un tessuto orientale del sec. VI o VII; il cosiddetto "velo della Madonna" in seta orientale, che è del sec. XI; un piatto in argento dorato con la scena di una chioccia e sette pulcini, da alcuni attribuito all'età di Teodolinda, da altri al XII o XIII sec.; due frammenti in pergamena di una lettera di s. Gregorio Magno (590-604); la croce votiva in oro e gemme di Agilulfo, appartene alla sua corona, rubata a Parigi nel 1805; la Croce, detta di Berengario, appartenente alla corona di Teodolinda; una copertura di evangelicario, un'altra per sacramentario in avorio a traforo e lamine d'argento (sec. IX). Più importante la "legatura d'oro di Teodolinda" come attesta l'iscrizione che vi è incisa; dittico in lamine d'oro tempestato di pietre preziose, perle e cammei, opera di un colto orafo bizantino; da alcuni fu identificato per la "theca persica" inviata da Gregorio Magno a Teodolinda per il Battesimo del figlio Adolofaldo, altri invece ritengono trattarsi di un encolpio. Una croce processionale a lamine d'oro e d'argento con episodi della vita di Gesù Cristo e del Battista, con in mezzo un medaglione della Madonna con il Bambino e Teodolinda genuflessa; donata dalla stessa, venne rifatta nel 1487 e nel 1615.
Vi sono inoltre tre dittici d'avorio: il primo è consolare, ma le due figure del personaggio furono in seguito trasformate l'una nel re David, l'altra in s. Gregorio; il secondo sembra rappresenti Stilocone con la moglie Serena e il figlio (fine IV sec.); il terzo, detto "del poeta e della musa", è opera della fine del sec. IV; K. Weitzmann e S. Schultz propongono di riconoscere nel poeta Claudio Claudiano (Zur Bestimmung des Dichters auf dem Musen-diptychon von M., in Jahrbuch des deutschen archäolo-gischen Instituts, 49 [1934], pp. 128-38). Si AMPOLLA (v.), una composta di 28 fiale di vetro che contengono olii presi nei santuari dei martiri romani e portati tra il 590-604 da un tale Giovanni alla regina Teodolinda, con cartigli indicativi su ogni singola fiala e una notula riassuntiva (v. INDEX OLEORUM); il secondo gruppo è composto di 16 ampolle metalliche (lega di stagno e piombo) e contengono olii o terra dei santuari della Palestina; sono ornate di figurazioni riproducenti detti santuari (fine VII sec.). Assai preziosa è la Biblioteca del Capitolo per manoscritti e incunaboli.