Fondata nel 1182 da Clairvaux, Z. ebbe vita florente fino al 1527. Dopo la sconfitta di Mohacs da parte dei Turchi, la vita monastica ebbe una interruzione di due secoli, durante i quali gli edifici e la chiesa monumentale dell'abbazia vennero demoliti completamente, e i suoi beni passarono in mano di laici (fino al 1609), poi di abati commendatari. Nel 1659 Z. divenne possesso dell'abbazia di Lilienfeld (Austria), nel 1699 passò all'abbazia di Heinrichau (Slesia) la quale restaurò la vita monastica a Z. Il nucleo del monastero attuale fu costruito fra il 1732 e il 1745. La chiesa monumentale di stile barocco fu consacrata nel 1752. Nel 1814 Z. divenne indipendente e fu furono unite le abbazie di Pilis e di Pásztó e nel 1878 quella di Szentgotthard. Dal 1923 l'abbazia con le sue case dipendenti formò la «Congregatio Zircensis S. Ordinis Cisterciensis» le cui costituzioni furono approvate nel 1941.
Dal 1814 i monaci di Z. svolsero la loro attività nell'educazione della gioventù, nelle scienze e nella cura delle anime. Nel 1948 Z. aveva 8 case dipendenti, 201 professi, 5 scuole (scuola generale e ginnasio) con 4622 studenti (nelle Università svolgono attività 9 padri). 19 parrocchie con 58.503 fedeli. L'abbazia stessa è stata un centro della vita liturgica e del canto gregoriano.
Nel 1950 è stata soppressa dal governo comunista.